虽然选调生录用考试与国家公务员录用考试相比有很多相同的地方，但是他们之间也有很大的不同。
一、组织单位不同
国家公务员录用考试的组织单位是国家人事部或各省市人事厅(局)，是根据国家政府机关、行政、事业单位提供的职位数量和职位要求面向社会统一实施的考试。在这里，人事部和各省市人事厅(局)充当的是国家人才服务中心的角色，同时人事部门对进入各招考单位的老生都制定了一定的考试标准，在制定考试的组织单位是各级党委组织部，考试由各级党委组织部委托人事部门来实施，人事部门向各级党委组织部负责，在制定考试标准时只拥有相对的独立性，更多的是由党委组织部来决定(包括考试科目及考试大纲)。
二、招考对象不同
国家公务员录用考试的一般招考对象为：年龄18周岁以上35周岁以下，具备符合职位要求的学历、工作经历、身体健康且具有中国国籍的公民。
选调生的招考对象是(以北京市为例)：政治素质好、有志于从事党政机关工作并有发展潜力的应届优秀大学本科毕业生、研究生、坐落在本市的全日制普通高等院校和本市生源在外在全日制普通高等院校列入国家统招计划的应届大学本科毕业生、研究生中的中共党员、优秀学生干部和三好学生才可以报考。
三、所属管理机构不同
国家公务员是各级政府机关、行政、事业单位的机关工作人员，在人民群众面前代表的是国家政府，隶属于各级政府机关。而选调生是各级党政机关的后备领导干部，更多的代表的是中国共产党，隶属于各级政机关。简言之，就是中国共产党的主要力量。
四、试用方式不同
国家公务员是按需招考的，考生在通过笔试、面试或专业考试被录取后直接进入到所报考的单位工作，职位定级为：普通科员(不论硕士、博士)。而选调生则是按照计划招考的，考生在通过笔试、面试或专业考试被录取后由党委组织部分配到各地基层去实习(学习)，并按照学历的不同来确定职位的定级标准且挂职上岗，比如：博士为副县级干部，硕士为副镇长级或街道办事处副主任级干部，享受相应的待遇；对于到农村基层实习的还给予补贴。
五、考试大纲不同
国家公务员录用考试的科目随着招考政策的公开和透明以及近几年报考人数的增加，其考试的题型已基本固定。即使有变化，也会在考试前(发布招考公告时)以大纲的形式公布出来。由于选调生的考试不同于国家公务员录用考试，其招考对象的界定范围导致了它的招考政策不像国家公务员录用考试那样公开和透明，再加上有的省市在组织选调生考试时还没有做到国家公务员录用考试完全一致，尤其是考试科目和考试大纲，都是由各省市党委组织部自己决定，有的甚至连考试大纲都没有。
